Захваченный советскими военными под руководством фанатичной учёной Ирины Спалько, Индиана Джонс помог им найти артефакт с мощным магнитным полем, спрятанный на военном складе. Археолог скрывается от русских, но теперь ФБР подозревает его в шпионаже. Инди садится в поезд, чтобы уехать от всех проблем. По дороге его догоняет Пёс Уильямс и рассказывает об исчезновении Оксли, старого друга Джонса. Перед исчезновением Оксли нашёл хрустальный череп, артефакт, связанный с городом Акатором. Черепом также интересуется Ирина Спалько.

Четвёртый и последний фильм из цикла о приключениях знаменитого археолога Индианы Джонса, поставленный режиссёром Стивеном Спилбергом, стал самым крупнобюджетным проектом в сравнении с предыдущими тремя частями. Финансовые вложения в его создание составили 185,0 млн. долл. Приключенческая картина Индиана Джонс и Королевство хрустального черепа в прокат вышел только в 2008 году, то есть через 19 лет после выхода третьей части фильма.

Стивен Спилберг по большей части не задействовал компьютерные возможности для постановки трюков и спецэффектов. Сам фильм снимали на плёночную камеру вместо цифровой. Шону Коннери, сыгравшему роль отца Индианы Джонса в предыдущей части, предлагали снова исполнить эту роль, но актёр отказался.