Юний музикант Кубо насолоджувався безтурботним життям на березі океану. У їх невеликому селищі ніколи не траплялося нічого незвичайного, і ніхто не чекав змін. Але вони настали, коли в життя юнака і його матері увірвався бунтівний дух, прагнучий помсти. Заново дізнаючись історію свого походження, Кубо відкриває в собі нові, раніше незвідані здатності і розуміє, що він, по суті, дуже схожий на батька, якого ніколи не бачив - легендарного воїна, прославленого самурая, полеглого в битві зі злом.