Вскоре после того, как союзники разгадали код Энигмы, немецкие подлодки перестают возвращаться со своих операций. Командование штаба, расположенного в оккупированном Ла-Рошеле, формирует экипаж для важной миссии. Возглавит команду новой U-612 сын офицера Хоффмана — Клаус. В его экипаж входит молодой Фрэнк, чья сестра оказывается связанной с французским сопротивлением. Девушка разрывается между двумя своими родинами.

Сюжет сериала Подводная лодка прямо продолжает события, изложенные в одноименном западногерманском триллере 1981 года, получившем шесть номинаций на Оскар. В основу сценария легли романы Лотара-Гюнтера Буххайма — писателя, служившего на субмарине во время войны, а также изложенные в первом фильме события.

Картина 1981 года стала на то время самым дорогим фильмом немецкого кинематографа, а на съемки сериала было выделено более тридцати двух миллионов долларов.

Работа над немецко-чешским сериалом началась в 2016 году. Съемки военной драмы проходили в Мюнхене (Германия), Ла-Рошели (Франция), Праге (Чехия) и на Мальте.

Макет подлодки, используемый в качестве немецкой субмарины, был построен еще в 2000 году. Его создали в Валлетте (Мальта) для другой ленты — Ю-571 (2000) и серьезно модифицировали для съемок нового сериала.