События фильма разворачиваются в четырех разных плоскостях времени. Все они отображают ту или иную историческую эпоху. Сюжет начинается с женщины, которая качает ребенка в колыбели и именно она связывает воедино все четыре части художественного фильма. Первая часть, под названием «Падение Вавилона», повествует нам о горной девушке, которая оказывается вынуждено втянутой в религиозные противоречия, что неминуемо ведет к гибели города. Во второй части зрителя перебрасывают в современную Америку, где социальные реформы разрушают жизнь молодой девушки и её возлюбленного. Эпизод «Варфоломеевская ночь» датирован 1572 годом в Париже, где, не подозревая о событиях, два молодых гугеноты подготовились к браку. Последняя же часть, повествует нам о лицемерных фарисеях, которые осуждают Иисуса Христа.

Фильм «Нетерпимость» — является шедевром эпохи немого кино. Хотя снят он был в ответ на критику предыдущей картины режиссера Дэвида Гриффита. Основой для сценария фильма, являлся судебный процесс, под названием «Дело Стилоу» — забастовка, в результате которой погибло 19 человек.

После выхода фильма на экраны, в моду кинематографа начали входить концовки с хеппи-эндом, где в финале герой спасается в последнюю минуту.