Мальчики в семействе Литтл повзрослели. Джордж обзавелся другом, а Стюарт пошел в школу. Однажды он спасает канарейку Маргало. Мышонок и канарейка подружились, однако, у Маргало есть тайна — Сокол, от которого ее спас Стюарт на самом деле ее босс, и она, по его заданию, ворует драгоценности.

Маргало должна украсть кольцо, принадлежавшее матери Стюарта. Канарейка исчезает из дома. Мышонок Стюарт и кот Литтлов Снежок отправляются на ее поиски в Нью-Йорк. Местом для наблюдения Стюарт выбирает небоскреб, но здесь он встречает Сокола, который сбрасывает Стюарта вниз. Мышонка спасает от неминуемой смерти мусорная куча, и он продолжает борьбу.

Сиквел популярной картины Стюарт Литтл снял Роб Минкофф. Роли Литтлов, как и в первом фильме, исполнили известная американская актриса и модель Джина Дэвис, британский актер, пианист и певец Хью Лори, Джонатан Лепники, анимационного мышонка озвучил Майкл Дж. Фокс, а кота — неподражаемый Натан Лейн.

В сиквеле стало гораздо больше анимационных персонажей. Фильм был номинирован на кинопремию BAFTA среди детских фильмов как лучший полнометражный фильм и стал победителем в номинации «лучший анимационный персонаж» общества специалистов по визуальным эффектам.