Кларк Кент все еще находится в режиме Кал-Эла. Только теперь он не в мегаполисе, а в родном Смолвиле, а его отец Джонатан в тяжелом состоянии лежит в больнице. Все это не мешает главному герою начать выполнять свою миссию в качестве Кал-Эла. В это же время в город приезжает Лойс Лейн, которую ничто не остановит, пока девушка не найдет виноватых в смерти сестры.

Четвертый сезон Тайны Смолвиля является продолжением тех событий, что были показаны в предыдущих сериях. На этот раз одним из главных персонажей истории становится Лана Лэнг в исполнении актрисы Кристин Кройк. До этого роль Ланы в трилогии о Супермене 1983 года исполняла другая актриса — Аннетт О`Тул. В сериале она также присутствует с самого его запуска в 2001 году, но здесь она исполняет роль матери супергероя.

Сериал Тайны Смолвиля написан по комиксам Джерри Сигела и Джо Шустера, поэтому все факты, персонажи и антигерои были взяты оттуда. Однако в конце 3 сезона и 21 серии четвертого на экранах стала регулярно появляться героиня Хлоя Саливан. Ее появление в сериале было неожиданным, ведь до этого персонаж в комиксах не упоминался. С 2003 года компания DC Comics объявила о том, что Хлоя станет одним из основных героев комикс-серии.