Чудной парнишка Луис становится очевидцем неудачной посадки неопознанного летающего объекта возле своего дома. Инопланетяне быстро стали понимать мальчугана и подружились. Троица пришельцев имела способность перевоплощаться в животное и даже человека. Так как Луис не имеет друзей и его отец постоянно занят, то с забавными существами он веселился как никогда. Но по сюжету мальчик начинает понимать, что инопланетяне могут пострадать от взрослых. Он помогает починить тарелку и пытается их спасти.

Отец Луиса, Армин Зоннтаг, является профессиональным уфологом, который изучает явления, связанные с пришельцами. За такое увлечение семья подвергается насмешкам и неприязням со стороны жителей городка. Также из-за финансовых трудностей Армина Зоннтага власти и, в частности, директор детского дома мисс Дикендейкер жаждут отобрать Луиса у непутевого отца.

Слоганом мультипликационного фильма Пришельцы в доме является фраза «Выгони их, если сможешь». Над озвучкой главного персонажа в русской версии работал юный актер Владимир Войтюк, голос которого можно также услышать в популярных кинолентах Дэдпул 2, Джуманджи: Зов джунглей, Фердинанд и Моана. А известный пародист Максим Галкин впервые принял участие в озвучивании полнометражного мультфильма, и сразу три пришельца говорят его голосом.