Покемон Фильм: Дженесект и возрождённая легенда рассказывает историю о том, что более чем триста миллионов лет назад на Земле жили могущественные и хищные существа, именуемые Дженесектами. Однако со временем архаические покемоны вымерли. Используя окаменелости, люди решили воскресить Дженесектов, модифицировав их тела мощнейшим оружием. Когда существа вернулись к жизни, они уже не помнили, откуда пришли. Лишь отголоски памяти теперь побуждают их искать свой дом, которого уже давно не существует.

Но страх затуманил разум Дженесектов, и во всем живом они видят опасного врага. Один из самых загадочных персонажей мультика Мьюту, который некогда был также создан людьми, проникся чувствами озлобленных на мир покемонов. Он, как и они, с презрением относится к людям и хочет во что бы то ни стало найти пристанище для неприкаянных существ, избавив их от страданий. Но Дженесекты не намерены соглашаться на помощь — это и становится основной завязкой мультипликационной картины.

Тем временем главный герой мультфильма Эш Кетчум и его верные друзья встречают самого младшего из Дженесектов. Между ними сразу завязывается дружба. Мальчишка, как и Мьюту, обещает малышу вернуть его домой. Но героям не осуществить эту задачу поодиночке, поэтому кому-то придется поступиться своими принципами или навсегда отказаться от цели.