Обучаясь в шпионской школе под названием Хитрый Дятел, Красная Шапка получает своё первое задание. Героиня должна провести тщательное расследование недавнего таинственного исчезновения Гензель и Гретель. Однако всё идёт наперекосяк, и у Шапки не получается выйти на след преступника. Но именно для таких случаев и существуют друзья: лесные жители готовы помочь девочке выпутаться из всех передряг и с успехом завершить свою первую миссию.

Хотя в основе анимационного фильма лежит известная сказка о Красной Шапочке, и большая часть её персонажей перенесена на экран, приключенческо-детективная лента имеет мало общего с оригинальной историей. Красная Шапка против зла является сиквелом картины Правдивая история Красной Шапки. Изначально авторами задумывалась трилогия, однако третья часть франшизы так и не вышла.

Режиссёрское кресло второго мультфильма занял Майкл Д’Иса-Хоган, который прославился благодаря необычной мультипликационной ленте Ад Данте: Анимированный эпос. На главной роли оскароносную Энн Хэтэуэй сменила Хайден Панеттьери. Актриса знакома большинству зрителей по телевизионному сериалу Герои.