Dana Scully odeszła z pracy w archiwum X, pracuje teraz w szpitalu. Fox Mulder nie ma pracy, mieszka w pobliżu. Pewnego dnia FBI prosi, by wrócili. W tajemniczych okolicznościach zniknęła agentka i szefostwo FBI ma nadzieję, że doświadczeni w paranormalnych zjawiskach byli agenci odnajdą ją. Jedyną osobą, która może im w tym pomóc jest Joseph Crissman, były ksiądz, który odbywał wyrok za uwiedzenie nieletnich, a teraz chce pomóc w śledztwie w zamian za złagodzenie wyroku.