У Шеггі Роджерса немає друзів, але одного разу серед ночі до нього в дім потрапляє веселий німецький дог Скубі-Ду, який повністю змінює його життя. Скубі та Шеггі стають найкращими друзями, пізніше разом зі ще кількома хлопцями вони організовують корпорацію Загадка. Незабаром компанію підлітків карають за бійку в шкільному автобусі, яку вони нібито організували. Герої вирішують розібратися в тому, що відбувається, тому що знають, що все це зробили не вони.

Річ у тому, що коледж давно вже пригледіли собі примари, які роблять у ньому все, що хочуть. Корпорація Загадка починає власне розслідування. Поки юні детективи розбираються в таємницях, вони стають нерозлучними друзями, які завжди будуть одне за одного горою. Дізнавшись, як працювати з привидами, вони надалі збираються займатися паранормальними дослідженнями.

Усі персонажі мультфільму дуже виразні, у кожного своя історія. Велма Дінклі — мозковий центр команди, вона про все здогадується першою. Дафна Блейк — дівчина-мажор, закохана у футболіста Фреда.

А хлопець, не знаючи, що він їй подобається, намагається різними способами привернути її увагу. Знайомий глядачам Шеггі — безжурний, доброзичливий і вірний друг. І Скубі — пес із бездонним шлунком, якого люблять усі.