W wyniku kolejnej walki ze złoczyńcami drużyna profesora Xaviera traci Jean Grey. Jednak dziewczyna nie umiera, lecz mutuje w zupełnie inną istotę Phoeniksa. Jej siła wzrasta, ale okazuje się, że zatraciła swoje główne cechy: życzliwość, bezinteresowność, szlachetność. Zaczyna zagrażać bezpieczeństwu całej ludzkości. Wkrótce Phoenix przechodzi na stronę Magneto, który zamierza wykorzystać ją do swoich podstępnych planów, których celem jest zniszczenie zwykłych ludzi i wywyższenie rasy mutantów. Równolegle okazuje się, że naukowcy wynaleźli lek, który może stać się niebezpieczną bronią ludzi przeciwko mutantom...