Хлопчики в сімействі Літтл подорослішали. Джордж завів другом, а Стюарт пішов до школи. Одного разу він рятує канарейку Маргало. Мишеня і канарка подружилися, однак, у Маргало є таємниця — Сокіл, від якого її врятував Стюарт, насправді є її босом, і вона, за його завданням, краде коштовності.

Маргало має вкрасти каблучку, що належала матері Стюарта. Канарейка зникає з дому. Мишеня Стюарт і кіт Літтлів Сніжок вирушають на її пошуки до Нью-Йорка. Місцем для спостереження Стюарт обирає хмарочос, але тут він зустрічає Сокола, який скидає Стюарта вниз. Мишеня рятує від неминучої смерті сміттєва купа, і він продовжує боротьбу.

Сиквел популярної картини Стюарт Літтл зняв Роб Мінкофф. Ролі Літтлів, як і в першому фільмі, виконали відома американська акторка й модель Джина Девіс, британський актор, піаніст і співак Г’ю Лорі, Джонатан Лепнікі, анімаційне мишеня озвучив Майкл Дж. Фокс, а кота — неповторний Натан Лейн.

У сиквелі стало набагато більше анімаційних персонажів. Фільм був номінований на кінопремію BAFTA серед дитячих фільмів як найкращий повнометражний фільм і став переможцем у номінації «найкращий анімаційний персонаж» товариства спеціалістів із візуальних ефектів.