Спеціальна півгодинна серія Загадкова заварушка про те, як Черепашки опиняться в таємничих підземеллях Нью-Йорка. Мультсеріал Еволюція Черепашок-ніндзя оповідає про чотирьох черепах, які зазнали мутації та почали набувати здібностей ніндзя, а мудрий сенсей Сплінтер відточує до ідеалу їхні навички. Чотирьом друзям-мутантам належить відправитися в пригоду, щоби повалити сили зла, якими цього разу виступають Драксум, Орігамі-ніндзя та Міт Светс.

Відмітною рисою мультсеріалу є те, що всім відомі черепахи Леонардо, Мікеланджело, Рафаель і Донателло тепер не є братами, а їхні стосунки мають характер сильної і нерозлучної дружби. Усі герої в мультсеріалі мають різний вигляд, наприклад, Рафаель — найбільший і найсильніший з усіх черепах, він же і є лідером, а Донателло так і залишився «мозком» і винахідником команди. Мікеланджело відтепер нерозлучний жартівник і душа всієї компанії, а от Леонардо майже не змінився, за винятком того, що замість двох звичних катан він використовує один меч одаті. У серіалі також присутня Ейпріл О’Ніл — темношкіра дівчина, яка більше не працює репортером, а бере участь у боях, використовуючи бейсбольну биту.

Мультиплікаційний серіал Еволюція Черепашок-ніндзя почав транслюватися на ТБ телеканалом Nickelodeon. Багатьом глядачам сподобається той факт, що головного антагоніста серіалу — Барона Драксума — озвучив відомий і всіма улюблений американський рестлер Джон Сіна.