Okręt „Hispaniola” eksploruje morza w poszukiwaniu wyspy, na której swoje skarby ukrył legendarny piracki kapitan Flint. Bandyci pod wodzą jednonogiego Johna Silvera szykują bunt i chcą przejąć okręt.

W tej interpretacji powieść Roberta Lewisa Stevensona nabiera nowych barw. Wyspa skarbów to dwuczęściowy film radziecki, z których pierwszy, „Mapa kapitana Flinta”, pojawił się na ekranach w 1986 roku, a sequel, „Skarb kapitana Flinta”, dwa lata później.

Oryginalności filmowi nadaje nietypowy sposób prezentacji materiału — fragmenty animacji zastąpiono klipami muzycznymi z udziałem znanych aktorów. Fabuła książki w tej ekranizacji pozostała niemal niezmieniona, poza kilkoma drobnymi momentami, które zostały podrasowane w celu stworzenia komicznych sytuacji. Parodie w tym filmie są dość powszechne i nawiązują do amerykańskich westernów, paralele z animacją „Księga dżungli” i filmem „Rambo”. Ciekawostką jest, że na rynek amerykański przygotowano specjalną wersję w pełni animowaną, bez klipów filmowych. Być może wynikało to ze specyfiki radzieckiej mentalności, że amerykańscy widzowie po prostu nie zrozumieją ukrytych podtekstów.