В центре сюжета находится маленькая девочка по имени Вера, проживающая в большом городе вместе с родителями и бабушкой. Ее мама работает бухгалтером, а отец является портовым грузчиком. Однажды родитель приносит домой обезьянку, которую они называют Анфисой. С этого момента их жизнь кардинально меняется, а главные героини становятся лучшими подругами.

С персонажами постоянно приключаются увлекательные истории, которые иногда бывают даже опасными. Как-то раз школьный учитель попросил Веру принести на урок свою питомицу, чтобы на наглядном примере объяснить своим ученикам теорию Дарвина. Его рассказ оказался интересным и познавательным, и понравился всем одноклассникам основной героини.

Мультфильм Вера и Анфиса на уроке в школе является заключительной работой в трилогии про девочку и ее подружку обезьянку, снятую режиссером Валерием Фоминым. Интересно отметить композитора картины Григория Гладкова, который кроме карьеры в анимационном кино является бардом. Кстати говоря, мужчина занесен в российскую книгу рекордов благодаря количеству созданных им музыкальных композиций для детей. Среди самых известных его работ можно назвать такие, как Падал прошлогодний снег, Пластилиновая ворона и т.д.