В Галактической Республике непростые времена. Сенат погряз в бюрократии, что сулит небольшим независимым планетам вроде Набу ожесточенные конфликты с Торговой Федерацией. Чтобы урегулировать возрастающее непонимание двух фракций на переговоры с наместником Нутом Ганреем были отправлены два джедая: мастер Квай-Гон Джинн и его молодой падаван Оби-Ван Кеноби.

Два соратника с первых минут попадают в уготованную им западню. По счастливой случайности джедаям удается попасть на Набу, попутно встретив неуклюжего представителя подводной расы гунганов Джа-Джа Бинкса. Этой троице предстоит прорвать блокаду Торговой Федерации, чтобы вызволить из лап злоумышленников Королеву Набу, Падме Амидалу. Опасность возрастает с каждой секундой, ведь планам главных героев мешает повторное появление на горизонте тёмного повелителя Ордена Ситхов, могучего Дарта Сидиуса и его ученика Дарта Мола.

Звездные Войны: Скрытая угроза — это повторное возвращение на экраны любимой вселенной, придуманной Джорджем Лукасом в далеком в 1975 году. События первого фильма трилогии приквела происходят за несколько лет до падения Ордена Джедаев и появления Галактической Империи. Несмотря на это, в фантастической киноленте присутствуют многие герои, знакомые зрителям оригинальной трилогии.