У Галактичній Республіці непрості часи. Сенат загруз у бюрократії, що обіцяє невеликим незалежним планетам на кшталт Набу запеклі конфлікти з Торговою Федерацією. Щоб врегулювати зростаюче нерозуміння двох фракцій, на переговори з намісником Нутом Ганреєм відправили двох джедаїв: майстра Квай-Гона Джинна і його молодого падавана Обі-Вана Кенобі.

Двоє соратників із перших хвилин потрапляють у приготовану їм пастку. Завдяки щасливому випадку джедаям вдається потрапити на Набу, попутно зустрівши незграбного представника підводної раси гунганів Джа-Джа Бінкса. Цій трійці належить прорвати блокаду Торгової Федерації, щоб визволити з лап зловмисників Королеву Набу, Падме Амідалу. Небезпека зростає з кожною секундою, адже планам головних героїв заважає повторна поява на обрії темного володаря Ордену Ситхів, могутнього Дарта Сідіуса і його учня Дарта Мола.

Зоряні Війни: Прихована загроза — це повторне повернення на екрани улюбленого всесвіту, вигаданого Джорджем Лукасом у далекому 1975 році. Події першого фільму трилогії приквела відбуваються за кілька років до падіння Ордену Джедаїв і появи Галактичної Імперії. Незважаючи на це, у фантастичній кінострічці присутні багато героїв, знайомі глядачам оригінальної трилогії.