Агент ФБР Артур Джеффрис оберегает подростка Саймона от дотошных федеральных агентов. Мальчику, страдающему аутизмом, удалось расшифровать очень сложный правительственный код. Такие способности представляют серьезную угрозу безопасности новейшей системе Меркурий, в разработку которой был вложен миллиард долларов США. Ситуация осложняется еще и тем, что родители Саймона убиты, и теперь враги могут устроить охоту за ним, чтобы использовать его таланты против стратегических объектов страны.

Программисты, находящиеся на службе у американского правительства, видят большую опасность в том, что Саймон до сих пор жив. Шеф команды, ведущей разработку Меркурия, Ник Кудроу, настоятельно рекомендует по-тихому избавиться от мальчишки. Артур Джеффрис и Саймон спасаются от преследователей бегством, понимая, что идущие за ними люди не остановятся ни перед чем.

Съемочная группа картины Меркурий в опасности работала в чикагском Гайд-парке, изредка выезжая на съемки некоторых сцен в Южную Дакоту, Вашингтон и Калифорнию. Мико Хьюз, исполнивший роль Саймона, некоторое время находился в интернате для детей-аутистов, чтобы лучше войти в образ. Мико при этом сопровождал детский психиатр. Агента ФБР Артура Джеффриса сыграл легендарный Брюс Уиллис.