Агент ФБР Артур Джефріс оберігає підлітка Саймона від допитливих федеральних агентів. Хлопчику, який страждає на аутизм, вдалося розшифрувати дуже складний урядовий код. Такі здібності становлять серйозну загрозу безпеці новітньої системи Меркурій, у розробку якої було вкладено мільярд доларів США. Ситуація ускладнюється ще й тим, що батьків Саймона вбито, і тепер вороги можуть влаштувати полювання на нього, щоб використати його таланти проти стратегічних об’єктів країни.

Програмісти, які перебувають на службі в американського уряду, вбачають велику небезпеку в тому, що Саймон досі живий. Шеф команди, що веде розробку Меркурія, Нік Кудроу, настійно рекомендує по-тихому позбутися хлопчиська. Артур Джефріс і Саймон рятуються від переслідувачів втечею, розуміючи, що люди, які йдуть за ними, не зупиняться ні перед чим.

Знімальна група картини Меркурій у небезпеці працювала в чиказькому Гайд-парку, зрідка виїжджаючи на зйомки деяких сцен до Південної Дакоти, Вашингтона й Каліфорнії. Міко Г’юз, який виконав роль Саймона, деякий час перебував в інтернаті для дітей-аутистів, щоб краще увійти в образ. Міко при цьому супроводжував дитячий психіатр. Агента ФБР Артура Джефріса зіграв легендарний Брюс Вілліс.