Серед прекрасних тропічних морських стихій, в районі Великого бар'єрного рифа на самоті живе риба-клоун на ім'я Марлін. Він ростить свого єдиного синочка Немо. Океан і існуючі в ньому небезпеки дуже страшать Марліна, і він як може огороджує сина від них, але молодий Немо, що страждає зайвою цікавістю, дуже хоче довідатися більше про таємничий риф, поряд з яким вони живуть. Коли Немо за іронією долі опиняється далеко від дому, та й ще стикається із загрозою стати обідом риби-танка, Марлін відправляється на пошуки сина. Але Марлін, звичайно ж, розуміє, що героїчний рятувальник з нього не вийде і просить про допомогу в пошуках, Дорі, королівську синю рибу, яка хоч і страждає від того, що майже нічого не пам'ятає, але добрішої за неї не знайти в усьому безмежному океані ! Отже, наші герої відправляються в подорож, в якій їх підстерігають численні труднощі і небезпеки.