Действие происходит в двадцатых годах двадцатого века. Фильм начинается с того, что некий Харьковский профессор Чернявин обращается за помощью к А. С. Макаренку в надежде разобраться с вызывающим поведением его некогда хорошего во всех отношениях, но после смерти матери неуправляемого сына. Игорь (так зовут мальчика) сразу же сбегает из колонии и начинает промышлять воровством. В скором времени он находит друзей — девушку Ванду и малыша Ваньку, местных беспризорников.

Конечно, идиллия воцаряется не сразу, кражи внутри колонии некоторое время продолжаются, но Макаренко своим доверием и терпением вселяет в детей уверенность в том, что они могут жить иной жизнью, осуществляя свои мечты и служа обществу.

Фильм Флаги на башнях был снят в 1958 году А. А. Народицким по одноименной и автобиографической повести А. С. Макаренка — легендарного советского педагога, внесшего огромнейший вклад в развитие этой науки на мировом уровне. Главными персонажами фильма являются воспитанники детской колонии имени Ф. Дзержинского, которыми руководит Антон Семенович в исполнении Владимира Емельянова. Публика здесь самая разнообразная: как рядовые школьники и дети из довольно благополучных семей, так и беспризорники.