Між США та СРСР триває Холодна війна. У цей час космічний корабель автоботів розбивається на Місяці. Американські астронавти, що висадилися там, забирають усю необхідну інформацію. У наші дні з’ясовується, що на Місяці залишився Ковчег, загублений корабель автоботів. Щоб відшукати його, Оптимусу Прайму знову знадобиться допомога Сема. Чи зможуть вони успішно завершити пошуки, можна дізнатися, подивившись фільм Трансформери 3.

Сем, працюючи в національній розвідці, отримує доступ до документів, які підтверджують, що на Місяці захований Ковчег, а також п’ять колон, через які може відбуватися телепортація, а з її допомогою десептикони можуть перенести свої війська на нашу планету. Саме тому вони також полюють за цими документами. Сентінел Прайм, єдиний з автоботів, здатний до телепортації, зраджує своїх товаришів і переходить на бік заклятих ворогів. Десептикони стирають Чикаго з лиця Землі. Незабаром з’ясовується, що людство — це саме той необхідний ресурс, за допомогою якого десептикони мріють відновити Кібертрон, свою рідну планету. Їм необхідні раби, величезна кількість робочої сили. Тільки Сем і Оптимус Прайм знову зможуть врятувати людство від поневолення, вони мають намір знищити всі колони, щоб запобігти телепортації.