При затриманні збожеволілого вченого Бакстера Стокмана його дітище — мутаген, що змінює тварин, потрапляє в нью-йоркську каналізацію. Під його впливом опинилися четверо братів-черепах Мікеланджело, Леонардо, Донателло і Рафаель, а також щур Сплінтер. В останньому черепахи визнали батька, а той навчав їх ніндзюцу. Через п'ятнадцять років мутанти-черепахи, які виросли, захотіли отримати визнання серед людей, але несподівано були втягнуті в протистояння зі злом.

Анімаційний фільм став сьомою повнометражною картиною з франшизи, у центрі сюжету якої опинилися четверо братів-мутантів-черепах, їхній учитель та інші персонажі. Підлітки-мутанти Черепашки-ніндзя: Погром мутантів дивитися онлайн. Всі персонажі мультфільму прийшли на екрани з коміксів Пітера Лерда і Кевіна Істмена.

У числі шанувальників франшизи виявився Сет Роген. Про це знала Ремсі Енн Нетто з Nickelodeon, і запросила його як одного з провідних продюсерів проекту, серед яких були Еван Голдберг і Джеймс Вівер. Підлітки-мутанти Черепашки-ніндзя: Погром мутантів дивитися онлайн. Він не тільки виконав свої прямі обов'язки, але також, з колегами працював над сюжетом і озвучив одного з персонажів — Бібопа.

Режисером став Джефрі Роу. Творці захотіли зробити персонажів, несхожих на попередніх. Підлітки-мутанти Черепашки-ніндзя: Погром мутантів дивитися онлайн. Зокрема, Сет Роген підкреслив підліткову сутність хлопців, додавши до стрічки відповідну атмосферу.

На озвучування Сплінтера запрошено Джеккі Чан, а головний антагоніст говорив голосом популярного репера Айс Кьюба. Під час роботи над дубляжем в одній кімнаті перебували не один, а група акторів, що відкрило можливості для імпровізації.