Минуло 15 років після загадкової глобальної катастрофи, що поставила людство на грань виживання. Та решту людей попереду чекають ще більш страшні випробування. Землю атакують «Ангели», загадкові гігантські істоти, що з'явилися невідомо звідки. Єдина зброя на планеті, здатна їм протистояти – роботи серії «Євангеліон», створені за допомогою передових біотехнологій. Щоправда, битися за допомогою цих величезних машин здатні тільки ті пілоти, які можуть повністю «синхронізувати» себе з роботом і управляти «Євангеліоном» як власним тілом. Ці унікальні бійці навчаються і живуть в секретному підземному місті Токіо-3, штаб-квартирі організації «NERV», що очолює захист Землі від вторгнення. Сіндзі, Аска і Рей – пілоти, між якими складаються вкрай непрості відносини. Та саме від них залежить доля планети й розгадка таємниці лиховісних «Ангелів».