Когда миру грозит опасность, супергерои не оставят человечество в беде. В очередной раз Земля подверглась нападению со стороны завоевателей, а после битвы с Альтроном практически все супергерои погибли. Альтрон в свою очередь воспользовался моментом и захватил весь мир. Но не всё ещё потеряно, ведь на смену им подрастает новое поколение героев. Ещё до своего сокрушительного поражения супергерои успели спрятать отпрысков, чтобы те смогли продолжить бороться со злом.

Сюжет мультфильма Новые Мстители: Герои завтрашнего дня основан на новом поколении мстителей. На плечи юных героев возложена непосильная ноша ответственности за весь мир, но желание отомстить не даёт страху одержать верх. Альтрон должен заплатить за смерть их родителей. Единственным, кто остался жив после войны с завоевателями, оказался Тони Старк. В одиночку ему не осилить могущественного Альтрона, а потому остаётся лишь ждать.

Он берёт под своё крыло детей погибших соратников, чтобы воспитать в них лучшие качества супергероев. Вот уже двенадцать лет он прячет их в своём убежище, ни на минуту, не прекращая усиленные тренировки. Тони делает всё от себя возможное, чтобы скрыть факт существования детей Мстителей, но Альтрон всё же узнаёт всю правду.