Кларк Кент усе ще перебуває в режимі Кал-Ела. Тільки тепер він не в мегаполісі, а в рідному Смолвілі, а його батько Джонатан у важкому стані лежить у лікарні. Усе це не заважає головному герою почати виконувати свою місію як Кал-Ела. У цей же час до міста приїжджає Лойс Лейн, яку ніщо не зупинить, доки дівчина не знайде винних у смерті сестри.

Четвертий сезон Таємниці Смолвіля є продовженням тих подій, що були показані в попередніх серіях. Цього разу одним із головних персонажів історії стає Лана Ленг у виконанні актриси Крістін Кройк. До цього роль Лани в трилогії про Супермена 1983 року виконувала інша актриса — Аннетт О`Тул. У серіалі вона також присутня з самого його запуску в 2001 році, але тут вона виконує роль матері супергероя.

Серіал Таємниці Смолвіля написаний за коміксами Джеррі Сігела і Джо Шустера, тому всі факти, персонажі та антигерої були взяті звідти. Однак наприкінці 3 сезону і 21 серії четвертого на екранах стала регулярно з'являтися героїня Хлоя Саліван. Її поява в серіалі була несподіваною, адже до цього персонаж у коміксах не згадувався. З 2003 року компанія DC Comics оголосила про те, що Хлоя стане одним з основних героїв комікс-серії.