Через те, що наприкінці попереднього сезону Кларк Кент перебуває у Фантомній Зоні, у плани генерала Зоди більше не входить сліпа помста. Тепер його головна мета — це завоювання Землі. Головний герой, звичайно ж, не може цього допустити. Він виривається із зони і перемагає головного антагоніста. Але ця подія має чималі наслідки. Із Зони, звідки вирвався Кларк, також виходять фантоми, і вони явно не налаштовані доброзичливо.

Шостий сезон Таємниці Смолвіля вийшов 2007 року і складався з 22 серій. Відрізняється цей сезон не тільки тим, що Кларку нарешті вдалося перемогти Зоду, а й ще згадкою Ліги Справедливості. За час випуску серіалу у Кларка Кента було безліч супротивників і товаришів за надздібностями. Цього разу його другом стане персонаж з іншого коміксу про місцевого Робін Гуда, а саме Зелена Стріла. Він краде гроші у багатих і віддає їх бідним. Цим вчинком він і підкорює серце колишньої дівчини Кларка — Лани Ленг.

Колоборація Супермена і Зеленої Стріли була не випадковою. Адже саме від нього Кларк дізнається про діяльність супергеройської команди — Ліги Справедливості. Тільки в цьому епізоді є відгалуження від оригіналу. У коміксах Кларк Кент є одним із перших, хто заснував команду з людей із незвичайними здібностями. У той час як Зелена Стріла з оригіналу приєднався до Ліги Справедливості після її заснування.