Третій сезон продовжує основну сюжетну лінію фільму. «Міфріл» робить свою звичайну справу, протидіє терору і екстремізму, допомагає гасити локальні конфлікти. Схоже, Чідорі Канаме вже нічого не загрожує, і командування чим далі, тим більше задається питанням: який сенс тримати біля дівчини Сагару, який потрібен для бойової роботи та випробувань «Арбалеста»? Головні герої тим часом закінчують школу. Сагара вперше замислюється: що ж він буде робити далі? Яким він хоче бачити своє майбутнє?