Sonic i jego przyjaciele wpadają w poważne tarapaty. Ich nowym przeciwnikiem zostaje Metal Sonic – potężna maszyna stworzona przez doktora Robotnika. Przeciwko nim staje także tajemniczy jeż Shadow.Podczas gdy Tails i Knuckles biorą udział w wyścigu, Sonic trafia do centrum Nowego Jorku, gdzie musi zmierzyć się z armią swoich klonów. Na ratunek w ostatniej chwili przybywa Amy Rose – uzbrojona w ogromny młot i gotowa rozprawić się z każdym przeciwnikiem. Teraz to wrogowie mają prawdziwe powody do obaw.