Незадовго після того, як союзники розгадали код Енігми, німецькі підводні човни перестають повертатися зі своїх операцій. Командування штабу, розташованого в окупованому Ла-Рошелі, формує екіпаж для важливої місії. Очолить команду нової U-612 син офіцера Гоффмана - Клаус. До його екіпажу входить молодий Френк, чия сестра виявляється пов'язаною з французьким опором. Дівчина розривається між двома своїми батьківщинами.

Сюжет серіалу Підводний човен прямо продовжує події, викладені в однойменному західнонімецькому трилері 1981 року, який здобув шість номінацій на "Оскар". В основу сценарію лягли романи Лотара-Гюнтера Бухгайма - письменника, який служив на субмарині під час війни, а також викладені в першому фільмі події.

Картина 1981 року стала на той час найдорожчим фільмом німецького кінематографа, а на зйомки серіалу було виділено понад тридцять два мільйони доларів.

Робота над німецько-чеським серіалом розпочалася у 2016 році. Зйомки військової драми проходили в Мюнхені (Німеччина), Ла-Рошелі (Франція), Празі (Чехія) і на Мальті.

Макет підводного човна, який використовується як німецька субмарина, був побудований ще у 2000 році. Його створили у Валлетті (Мальта) для іншої стрічки - Ю-571 (2000) і серйозно модифікували для зйомок нового серіалу.